如何使用.split

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  • 分类: Python

我需要编写一个Python脚本，将两个序列转换为每行10个字符的交错FASTA格式。所以如果输入是>人类阿卡卡加>鼠标accagaggggttttaaaccacaggcg(另存为dna.txt)输出应为>人类阿卡奇塔克卡加塔加特阿塔卡加>鼠标ACCAGAGGGG公司GTTTTAAACC公司ACAGCG公司我不知道该怎么办。这是我迄今为止所拥有的全部

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  1. def read_data(filename):
  2.     with open("p:/dna.txt", "r") as myfile:
  3.         data = myfile.readlines()
  4.         myfile.close()
  5.     for i in range(0, len(data)):
  6.         data[i] = data[i].rstrip("\n")
  7.  
  8.     return data
  9.  
  10. seq1 = data[1]
  11. seq2 = data[3]
# 回答1

也许这将有助于：

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  1. >>> import textwrap
  2. >>> textwrap.wrap("ACCAGAGGGGGTTTTAAACCACAGCG", 10)
  3. ['ACCAGAGGGG', 'GTTTTAAACC', 'ACAGCG']
  4. >>> data = [">human", "ACACCGGTACCAGATATGATATACCGAGA", ">mouse", "ACCAGAGGGGGTTTTAAACCACAGCG"]
  5. >>> for item in data:
  6. ...     print "\n".join([s for s in textwrap.wrap(item, 10)])
  7. ...     
  8. >human
  9. ACACCGGTAC
  10. CAGATATGAT
  11. ATACCGAGA
  12. >mouse
  13. ACCAGAGGGG
  14. GTTTTAAACC
  15. ACAGCG
  16. >>> 

标签: python

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